2025년도 제3회 추가경정예산안은 총 56억 2,500만 원 규모로, 기정예산과 동일하게 편성되어 재정 규모의 증감은 없었다. 일반회계 세입·세출 모두 변동 없이 유지되었다.

2026년도 충청광역연합 예산안은 총 56억 2,510만 원으로, 전년도 대비 2,510만 원(0.45%) 증액 편성되었다. 문화·관광, 환경, 산업·중소기업 및 에너지, 교통·물류 분야 중심으로 예산이 증액되었으며, 일반공공행정과 예비비 등 일부 항목은 감액 편성되었다.

김현미 의원(세종시 소담동, 민주당)은 성인지 예산과 성과계획서 전반에 대해 문제를 제기하며, 성인지 예산이 단순히 형식적인 분류에 그칠 것이 아니라, 충청광역연합이 지향하는 일·생활 균형과 양성평등 정책 방향이 실질적으로 드러나야 한다고 강조했다. 또한 전략사업 협의체 운영, 중기지방재정계획과 연계된 신규사업에 대해 작은 예산일수록 사업 목적과 산출 근거가 명확해야 하며, 중장기적으로 지속 가능한 광역사업으로 이어질 수 있는 구조가 필요하다고 지적했다. 아울러 연합장 임기 구조로 인해 중장기 사업이 단절될 수 있다는 우려를 제기하며, 광역연합 차원의 지속 가능한 정책 운영 체계 마련 필요성을 언급했다.

조성태 의원(충주시1, 국민의힘)은 신규 연구용역 및 환경·교통 분야 예산과 관련해, 금강수계 물환경 관리 모니터링 연구용역 등은 취지에는 공감하지만, 충청권 전체의 복합적 환경 현안을 고려할 때 광역적 관점의 정책 제안으로 발전할 필요가 있다고 밝혔다. 또한 충청권 UAM 기업 박람회 참가 지원과 관련해 단순 행사 참여를 넘어 규제 개선과 중앙부처 협의로 이어질 수 있는 실질적 성과 구조를 고민해야 한다며, 예산의 정책 확장성을 강조했다.

김광운 의원(세종시 조치원읍2, 국민의힘)은 국제협력 추진역량 강화 사업과 해외 연수·교류 예산에 대해 광역연합 출범 취지에 맞는 비교·모델 분석 중심의 국제 교류가 필요하며, 단순 방문성 사업으로 흐르지 않도록 전략적 선택이 요구된다고 지적했다. 또한 성과계획서와 관련해, 성과지표와 측정 방식이 현실성과 논리성을 갖추지 못할 경우, 예산 집행의 책임성과 신뢰성이 떨어질 수 있으며 성과관리 체계 전반에 대한 보완 필요성을 강조했다.

이한영 의원(대전시 서구6, 국민의힘)은 마무리 발언으로 예산결산특별위원회는 예산안 의결과 함께 집행부에 대해 연구용역 및 신규사업의 철저한 사전 기획, 명시이월 최소화를 위한 일정·절차 관리 강화, 행사성·홍보성 사업의 성과 중심 운영, 성인지 관점과 중기재정계획의 실질적 연계 등을 주문했다.